$(selector).prop('checked', true); code example
Example: jquery set checkbox
//jQuery 1.6+ use:
$('.checkboxClass').prop('checked', true);
//jQuery 1.5.x and below use:
$('.checkboxClass').attr('checked', true);
//jQuery 1.6+ use:
$('.checkboxClass').prop('checked', true);
//jQuery 1.5.x and below use:
$('.checkboxClass').attr('checked', true);